Før innspillingen av Elegy (Relapse cd, 8/10, 1996) var det nye utskiftinger i Amorphis. Trommeslager Rechberger ble erstattet av Pekka Kasari, og Pasi Koskinen var ny vokalist. Koskinens «rene» vokal fant forbløffende enkelt sin plass ved siden av Tomi Koivusaaris dype grynt, slik gjestevokalist Tuomi hadde gjort det på forgjengeren. Kaspar Mårtensen varte kun et album, og ble erstattet av Kim Rantala. Rantalas keyboards hadde sin del av æren for at Elegy ble så vellykket. Han tok større plass enn forgjengeren, men holdt seg hele veien til det smakfulle. Dèt klarte faktisk hele Amorphis, på tross av musikken og tekstenes iboende patos. Det var nok en gang historiske tekster som var inspirasjonen, nemlig samlingen av dikt og ballader utgitt under tittelen Kanteletar, tilbake i 1840. I likhet med det forrige albumet trakk Elegy veksler på syttitallets progrock og folkrock, som ble mikset med melodiøs metal. En østlig inspirasjon var også merkbar, blant annet gjennom bruken av elektrisk sitar og langstrakt tonalitet. Amorphis var ikke av de mest ekstreme i klassen, men hadde evnen til å skape tyngde og trykk, samtidig som musikken var lett tilgjengelig. Elegy la seg pent til rette ved siden av den sterke forgjengeren, men kun et lite knepp bak kvalitetsmessig.

Gruppa turnerte vel og lenge etter utgivelsen og var tilbake med nytt album først i 1999. Tuonela (Relapse cd, 6,5/10, 1999) tok som vanlig for seg finsk mytologi og historie. Tuonela var de dødes tilholdssted i finsk overtro. I likhet med Mårtensen holdt Kim Rantala kun en plate, og ble i ikke erstattet. Tuonela ble dermed spilt inn som et rent gitaralbum, men etter hvert la Santeri Kallio på keyboards, samt at Sakari Kukko bidro med saksofon og fløyte på noen spor. Tuonela fikk dessverre et vel polert og lite dynamisk lydbilde. Den rene vokalen til Kosikonen dominerte, og hans smått anonyme stemme slet med å gi musikken skikkelig karakter. Det var heller ikke det samme løftet over låtene denne gangen, selv om det var ting å hente her og der, blant annet i de to første sangene. Særlig Morningstar var vellykket, med sine aggressive og kantete gitarbruk, noe som ga musikken et ellers sårt savnet bitt. Det var også smarte detaljer å kose seg med her og der, særlig var bruken av fløyte vellykket. Østlige toner var tilstede også denne gangen, men tenderte til ukledelig overforbruk og stilisering. Det var ikke spor av death metal igjen i Amorphis musikk i 1999. Det var nødvendigvis ikke et problem, men at de tidligere så originale finnene skulle ende tiåret med å gi ut kommersiell, lett kalkulert hard rock var overraskende og skuffende.

Opplevelsen av at Amorphis hadde gått videre litt for raskt ble bekreftet med Am Universum (Relapse cd, 6/10, 2001). Gruppa hadde antageligvis tjent på å undersøke og utvikle potensialet i death metal, prog og folk ytterligere, slik de gjorde det til og med Elegy. Tuonela og Ad Universum led under mangel på gode ideer og tydelig identitet. Amorphis hadde låst seg inne i polert hardrock, og ofret mange muligheter på strømlinjeformingens alter. Så var det likevel mulig å ha et visst utbytte også av Am Universum, om man la vekk håpet de tidlige albumene skapte. Det var uforpliktende og lett underholdende hele veien, og med det rette låtmaterialet mellom hendene kunne de fortsatt levere godt, som for eksempel på den barske Crimson Wave, malplassert saksofon til tross. Saksofonen ble hentet frem på flere spor på plata, og det var vanskelig å se kombinasjonen av kommersiell hardrock og monden saksofon som vellykket, heller tvert imot.